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存在してるディレクトリにgit cloneする方法

initする方法

$ cd /path/to/existing_dir
$ git init
$ git remote add origin <remote-url>
$ git fetch origin
$ git checkout -b master --track origin/master

別ディレクトリにcloneして.gitをコピーする方法

$ git clone --no-checkout <remote-url> /path/to/writable_dir
$ mv /path/to/writable_dir/.git /path/to/existing_dir
$ cd /path/to/existing_dir
$ git reset --hard HEAD

参考